秩父鉄道が所有し、「パレオエクスプレス」に使われる12系客車が塗色を変更した。「パレオエクスプレス」の運転開始25周年を記念したリニューアルで、従来の濃緑色から紅褐色となり、金色の帯とレタリングが入る。車内は木質調の壁、ワインレッドの座席表地などにより、昭和レトロのSL列車の旅を演出する。
試運転中のC58と12系客車。
列車を牽引するC58 363は、今回、JR東日本の大宮総合車両センターで全般検査を受け、動輪のタイヤを更新、上越線などでの試運転を終えて4月6日に秩父鉄道入りした。「パレオエクスプレス」は4月21日（土）から営業運転を開始し、12月3日までの土休日を中心に計84日間運転される。なお、営業開始後、5月末まではC58に赤いナンバープレートを取り付ける。
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2012年3月17日（土）に実施されるJRダイヤ改正の概要が発表された。おもな変更点は以下のとおり。
日本海縦貫線の寝台特急「日本海」、急行「きたぐに」を廃止。（多客時期に臨時列車を運転。）
廃止が発表された「日本海」
東北新幹線にE5系4編成を投入し、東京～新青森間「はやて」5往復をE5系で運転するほか、新たに「なすの」2往復を運転。「なすの」のグランクラスはシートのみのサービスとなり、新料金を設定。4月27日から1編成追加して、「はやて」「やまびこ」各1往復を置き換える。
山形新幹線「つばさ」と併結する「やまびこ」の一部をE4系からE2系に置き換えて、最高速度向上により到達時間を短縮する。最速列車で東京～山形間は2時間29分になる。
東海道新幹線では、定期「のぞみ」全列車（163本）をN700系で運転。「ひかり」「こだま」は各18本をN700系で運転。300系は全廃。一部の「のぞみ」を東京～新大阪間2時間33分に短縮。（定期「のぞみ」の過半数が2時間33分以下の運転に）
新宿（小田急）～沼津間特急「あさぎり」は、新宿～御殿場間3往復とし、すべて小田急60000形（MSE）6両編成による運転とする。土休日には1往復を追加運転。なお、現行「あさぎり」の小田急20000形RSEは、10000形HiSEとともに運転を終了、引退する。
常磐線特急にE657系を投入。「スーパーひたち」のうち20本、「フレッシュひたち」のうち9本をE657系での運転とする。 「スーパーひたち」は当面のあいだ、上野～いわき間の運転。
山陽～九州新幹線は、朝夕を中心に「みずほ」「さくら」を増発、「みずほ」は5往復、「さくら」は18往復となり、九州新幹線内の時間短縮により新大阪～鹿児島中央間最速3時間42分となる。山陽新幹線における100系、300系車両の運転を終了する。
京都・新大阪から南紀方面の特急「くろしお」に287系を投入（改正時4往復、7月までに7往復）するほか、この方面の特急の愛称を「くろしお」に統一する。
アーバンネットワークでは、JR宝塚線、阪和線に225系を投入し、JR宝塚線での113系の運転を終了する。
福岡都市圏では、ロングシートの新型車両（817系2000代、3000代）27両を投入し、福北ゆたか線を中心に混雑緩和を図る。
JR東日本田町車両センター所属の185系電車のうち、A8編成（10両編成）が1981年デビュー当時の、クリーム色の車体中央にグリーンの帯を幅を変えて斜めに配置したスタイル、通称「ストライプ」塗色に復元されて出場し、東海道線の特急「踊り子」などに運用されている。
ストライプ塗色になった185系電車A8編成
東海道線方面の185系電車はリクライニングシート化などのリニューアルに際し、白地にオレンジと緑のブロックパターンに変更されていた。
JR東日本が動態復元を進めてきたC6120の営業運転が6月4日、「快速SL C61復活号」として高崎～水上間でスタートする。時刻は、高崎9時56分、水上12時04分、水上15時20分、高崎17時20分の1往復。オハニ36、スハフ32など旧型客車5両を牽引する。
旧型客車を牽引して上越線を行くC6120
6月中は土曜・日曜に同じダイヤで運転、7月2日には群馬デスティネーションキャンペーンのオープニングを飾る「SLググっとぐんまみなかみ」として、C57180との重連で12系客車を牽引する。その後、7月、8月はD51と分担して高崎～水上間、または高崎～横川間で運転され、9月にはD51またはC58との重連運転も計画されている。
なお、旧型客車は出入り口扉に鎖錠装置が設けられ、車側に表示灯が取り付けられている。営業列車では全車指定席となる。
東北地方各線の4月18日現在の不通区間と運転再開見込みは以下のとおり。
東北新幹線は4月12日に福島まで開通、山形新幹線の直通運転も再開された。東京～山形間9往復（うち6往復は新庄まで）の運転。「つばさ」は全区間単独運転で、東北新幹線内は「やまびこ」「なすの」を臨時ダイヤで運転。福島～仙台間東北本線に快速「新幹線リレー」または臨時快速、計11往復を運転中） 盛岡～新青森間は「はやて」10往復運転中、秋田新幹線は盛岡～秋田間のみ5往復運転中。不通区間のうち一ノ関～盛岡間は23日、福島～仙台間は25日に運転再開（仙台まで開通）、残る仙台～一ノ関間は4月30日ごろの運転再開見込みとなっており、これで全線開通となる。運転再開後も当面は一部区間で徐行運転。
東北本線は4月17日に黒磯～安積永盛間が開通して、東京から仙台、仙台貨物ターミナルまで運転再開、運転再開後に7日の余震で再び不通になっていた仙台～松島間を含む一ノ関までの区間が21日ごろに運転再開見込みで、これにより全線で運転再開となる。岩切～利府間も21日ごろ運転再開の見込み。
常磐線は、いわき～四ッ倉間が17日に運転再開し、東京から四ッ倉まで開通。同日、上野～高萩間で特急列車の運転を再開した。（一部列車は運休、勝田以遠直通は朝晩のみ） 仙台側からは亘理まで運転されているが、四ッ倉～亘理間は津波被害のほか原発規制区間を含み運転再開の見込みは立っていない。
仙山線は愛子～山寺間が23日ごろ運転再開見込みで、全線で運転再開となる。仙石線は小鶴新田～東塩釜間が19日から運転再開。東塩釜～石巻間は津波被害のため運転再開の見通しは立っていない。石巻線は小牛田～前谷地間が17日に運転再開、大船渡線一ノ関～気仙沼間は18日に運転再開、他の津波被害線区は、石巻線前谷地～女川間、気仙沼・大船渡線前谷地～気仙沼～盛間、山田線宮古～釜石間、八戸線階上～久慈間と、三陸鉄道小本～陸中野田間、盛～釜石間、仙台空港鉄道線。いずれも運転再開の見通しは立っていない。その他の各線は運転再開。
仙台市営地下鉄台原～泉中央間は29日ごろの運転再開見込み。阿武隈急行は保原～瀬上間と角田～槻木間が18日に運転再開し瀬上～冨野間と槻木方が開通したが、福島～瀬上間と冨野～角田間が不通。鹿島臨海鉄道は水戸～新鉾田間と太洋から鹿島神宮まで運転再開（鹿島サッカースタジアムは通過）したが、新鉾田～太洋間は不通で、7月ごろ運転再開の見込み。ひたちなか海浜鉄道は全線不通で、7月中旬に運転再開の見込み。
貨物専用の路線は、鹿島臨海鉄道、福島臨海鉄道、仙台臨海鉄道、岩手開発鉄道、八戸臨海鉄道の計8路線で運転休止中。
飯山線戸狩野沢温泉～十日町間は4月末に運転再開見込み。
3月26日以降、3月中に運転再開となる区間は、磐越西線郡山～津川（全線再開）、只見線西若松～会津坂下間、大白川～小出間、東北本線郡山～本宮間、仙台～岩切間、仙石線あおば通～小鶴新田間、磐越東線郡山～船引間、奥羽本線新庄～院内間、山田線上米内～宮古間、釜石線花巻～遠野間、左沢線全線。
なお、八戸線は24日から八戸～階上間で運転中。会津鉄道はJR線会津若松まで運転中。
4月上旬の運転再開予定区間は、常磐線土浦～勝田間、奥羽本線福島～米沢間（全線再開となる、「つばさ」福島～新庄間運転再開）、陸羽西線全線、仙山線仙台～愛子間、山寺～山形間、東北本線岩沼～仙台間、岩切～利府間。
地震による不通区間、運転再開区間は以下の通り。（計画停電によるものは除く）
東北新幹線は東京～那須塩原間で「なすの」毎時2本程度運転、盛岡～新青森間は22日運転再開し「はやて」6.5往復（23日から10往復）を運転。秋田新幹線は盛岡～秋田間のみ5往復運転。山形新幹線は運転見合わせ。
東北本線は上野～黒磯間、一ノ関～盛岡間で運転。IGRいわて銀河鉄道はほぼ通常通り（花輪線列車は限定運転）、青い森鉄道はほぼ通常通り（JR直通列車など一部運休）、奥羽本線は米沢～山形間、院内～秋田～青森間で運転。特急「つがる」運転。米坂線運転再開、山形鉄道運転再開、北上線運転再開、田沢湖線運転中、花輪線運転中、山田線は盛岡～上米内間で運転、八戸線は八戸～鮫間で運転、三陸鉄道は宮古～田老間、陸中野田～久慈間で復興支援列車を運転、大湊線運転中、津軽線・津軽海峡線運転中（特急は一部運休）、五能線運転再開、男鹿線運転中。羽越本線は特急を含め運転中。運転中の路線も多くは列車本数を減らしており、新潟地区でも一部列車が運休。
なお、東京～盛岡間は新潟・秋田経由で到達可能（8時間程度を要する）。また、18日より上越・羽越線、青森経由で根岸～盛岡間に石油輸送貨物列車を運転。石油列車は名古屋・大阪方面からも運転。
東北地方の不通区間は、東北新幹線那須塩原～盛岡間、常磐線土浦以北（いわき～岩沼間は立ち入り調査ができない区域があり被害の全容解明に至っていない）、東北本線黒磯～一ノ関間、奥羽本線福島～米沢間、山形～院内間、磐越西線郡山～津川間、山田線上米内～釜石間、八戸線鮫～久慈間、水郡線・磐越東線・只見線・仙山線・仙石線・石巻線・陸羽東線・陸羽西線・左沢線・気仙沼線・大船渡線・釜石線の全線、阿武隈急行全線、三陸鉄道南リアス線全線、北リアス線田老～陸中野田間。仙台市営地下鉄台原～泉中央間、仙台空港鉄道。
このうち、奥羽本線山形～新庄間は3月23日運転再開見込み、磐越西線郡山～津川間、仙石線あおば通～小鶴新田間、左沢線北山形～左沢間、奥羽本線新庄～院内間は、3月中の運転再開を予定している。
※ 3月23日、東北本線郡山～本宮間、仙台～岩切間の3月中の運転再開が発表された。
※ 関東地区では、水戸線全線、鹿島線延方～鹿島サッカースタジアム間、鹿島臨海鉄道大洗鹿島線全線が不通となっている。
また、12日の長野県北部の地震により飯山線の戸狩野沢温泉～十日町間が不通（22日に十日町～越後川口間運転再開）。
なお、岩泉線は昨年7月の土砂災害により不通となっている。
（具体的な運転情報については各社のホームページ等でご確認ください）
阪急電鉄は、6300系を改造した観光特急「京とれいん」を3月19日より梅田～嵐山間の臨時快速特急として運転する。当面は5月8日までの土休日に1往復運転し、5月14日からは土休日運転の梅田～河原町間の快速特急4往復に充当する。
阪急電鉄6300系の「京とれいん」
「京とれいん」は6354編成を6両編成としリニューアルしたもので、「京扇」をデザインしたラッピングが施されている。中間2両は車内へのエントランスに格子状の飾りを設けてデッキ風にするとともに、座席は半個室風のボックスシートとし、京町家をイメージした車両となっている。前後各2両は京唐紙の伝統柄「蘭の華散らし」、「麻の葉」をイメージしたデザインを取り入れている。
JR西日本の新しい近郊形電車225系が、12月1日よりJR京都・神戸線の新快速と阪和線で営業運転を開始した。JR京都・神戸線等で運用される網干総合車両所の0代は8両編成5本の40両、日根野電車区配置の5000代が4両編成21本の84両でスタートした。（両数は平成22年度分） 225系は223系との併結運転も可能。
阪和線では当面、阪和線内の快速を中心に運用されており、103系の置き換えが進められるが、3月改正以降は増発となる関空紀州路快速にも運用される。また、221系は、225系投入に伴い阪和線の運用を外れている。
今後、0代は2012年度までに110両、5000代は2011年度までに116両が投入される計画。
阪和線快速で営業運転に就いた225系
従来、JR東日本の田端運転所所属のEF81が充当されていた常磐線などの貨物列車牽引に、12月1日よりEF510形500代が使用されるようになった。寝台特急「北斗星」「カシオペア」牽引機と共通運用で、「カシオペア」色の509・510号機が入る可能性もある。同所のEF510は老朽化したEF81の代替として15両が新製された。田端運転所のEF81は国鉄時代から常磐線などでの貨物列車運用をもっているが、EF510の新造予定両数はそろっており、同所のEF81の大部分が置き換えられることになる。機関車はJR東日本の所属であるが、貨物列車ではJR貨物の運転士が乗務している。
常磐線で貨物列車を牽引するEF510